Ջրային պաշարների կառավարման մակարդակը Հայաստանում էկոլոգների անբավարար գնահատականին է արժանացել:
Ինչպես այսօր մամուլի ասուլիսի ժամանակ նշել է էկոլոգ, ջրաբան Քնարիկ Հովհաննիսյանը, մտահոգիչ է գետերում բնապահպանական բացթողումների նկատմամբ վերահսկողության բացակայությունը: Այդ հանգամանքը մտահոգում է փորձագետներին՝ հաշվի առնելով, որ շատ գետերի վրա աշխատում են փոքր ՀԷԿ-եր: Էկոլոգիական բացթողումների բացակայության դեպքում գետերը կարող են մնալ առանց ջրի, առաջին հերթին՝ ամառային շրջանում: Դա իր հերթին կարող է խիստ բացասաբար անդրադառնալ գետերի էկոհամակարգի վրա:
Եվս մեկ խնդիր է կենցաղային և օրգանական աղբով գետերի աղտոտվածությունը: Խորհրդային տարիներին, ինչպես նշել է Հովհաննիսյանը, այդ հարցը վճռվել է մաքրիչ կայանների աշխատանքի միջոցով: Մինչդեռ այսօր Սևանի մոտակայքում մեխանիկական մաքրիչ կայաններ են աշխատում միայն Վարդենիսում, Գավառում և Մարտունիում: Դա նշանակում է, որ Սևան թափվող գետերն աղտոտված են կենցաղային և օրգանական աղբով, ինչը բացասաբար է ազդում Սևանի ջրի որակի վրա:
Էկոլոգները մտահոգված են նաև Արարատյան դաշտավայրի ոռոգման համակարգի վիճակով: ՙՏարբեր գնահատականներով, Արարատյան դաշտավայրի հողերի 30-50%-ն անապատացման եզրին է գտնվում՚,- նշել է փորձագետը: